מזכיר הממשלה בתקופת מנחם בגין, הפרופ' נאור קובע: בגין יזם את רעיון האוטונומיה כדי למנוע את חלוקת הארץ.
"בגין האמין שהסכם הביניים של תוכנית האוטונומיה יגיע למבוי סתום והאוטונומיה תישאר כחלק מהסטטוס קוו וכך הוא ימנע הקמת מדינה פלסטינאית", כך גילה פרופ' אריה נאור, מי שהיה מזכיר הממשלה בתקופתו של ראש הממשלה המנוח מנחם בגין.
את הדברים אמר נאור בהרצאה שנשא בכנס "שבעים לישראל" שערכה מכללת אפרתה בירושלים.
לדבריו, בגין התנגד לחלוטין לתת לפלסטינים ביו"ש אוטונומיה מלאה שתביא למדינה פלסטינית אלא רק אוטונומיה בנושאי פנים, חינוך, תרבות וכו.. וכך לדבריו האוטונומיה היתה הופכת "להיות אמצעי כדי לסכל את סכנת חלוקתה של הארץ ולהוריד אותה מהפרק".
נאור הסביר כי האוטונומיה היתה אמורה לקום לחמש שנים כשלקראת סיומן היה צריך לקבוע את הסטאטוס הקבוע של הטריטוריה שלתושביה תינתן האוטונומיה. בנאומו ציטט הפרופ' נאור מדברי בגין בישיבות פנימיות שם אמר: "יחלפו חמש שנים, אנחנו נציע להחיל את המשפט השיפוט והמנהל של המדינה על כל השטח של א"י, והם יגידו בשום אופן לא, נשאל אותם מה אתם מציעים? אז הם יגידו הגדרה עצמית, ואנחנו נשיב להם בשום אופן לא. מה קורה במצב כזה? סטאטוס קוו. מהו הסטאטוס קוו? אוטונומיה, וכך האוטונומיה המוקמת לתקופת מעבר, עשויה להתקיים לתקופת מעבר ממושכת מאוד מאוד".
הפרופ' נאור קבע כי "אין שחר לטענות כאילו בגין ניסה להיפטר מהאוטונומיה שהוא עצמו העלה. הוא רצה מאוד להגשים את זה. היו כל מיני קשיים פוליטיים פנימיים וחיצוניים בעיקר חיצוניים, כולל הנסיגה של סאדאת מהתמיכה ברעיון הזה".
דבריו אלה של הפרופ' נאור מתיישבים היטב עם דברים שסיפר בסוף 2016 השר לשעבר הפרופ' משה ניסים אודות המו"מ עם המצרים ורעיון האוטונומיה.
את הדברים אמר הפרופ' ניסים בראיון לערוץ 7 כמי שהיה חלק בלתי נפרד מהמגעים עם המצרים ומניסוחו המשפטי של הסכם קמפ דיויד. מדבריו עולה כי אכן מגמותיו של בגין בהעלאת רעיון האוטונומיה היו יצירת מציאות ביניים שתאפשר מו"מ עם מצרים ומנגד לא תחלק את הארץ ותאפשר הקמת מדינה פלשתינית בליבה. כמו כן עולה מדבריו של ניסים כי אכן המצרים היו אלה שבלמו את הרעיון ולא קידמו אותו, ובהמשך הדברים הוא גם מבהיר מדוע.
"כידוע אי אפשר להגיע להסכם שלום עם מדינה ערבית מבלי שמה שנקרא 'הבעיה הפלשתינית' נדונה ומוצאת לה פתרון כלשהו. משום כך בגין הגה את הפתרון הראוי הנכון והמוצלח ביותר שאולי ניתן היה ליישם אותו – האוטונומיה".
לדבריו יתרונו הגדול של רעיון האוטונומיה הוא היותו כזה שאינו מחייב שרטוט קווי גבול, ומאחר ובגין ידע ש"לא נגיע להסכמים על גבולות שנקבעים בהסכמה והפלשתינים לא יסכימו לעולם שנחיל את החוק והמשפט שלנו ביהודה ושומרון" כפי שאולי הוא עצמו היה רוצה, ומנגד "היה ידוע שבגין, שראה את חזון ארץ ישראל כיעד לאומי בר יישום, לא יוותר על יהודה ושומרון במחי יד כפי שהשמאל בישראל מנסה להטיף וכשל לחלוטין".
על מנת לפתור את הפלונטר המדיני הזה הגה בגין את רעיון האוטונומיה "שהיתרון שלו היה שאין צורך לעסוק בשאלת הגבולות, האם ישראל תיסוג מיו"ש, האם הפלשתינים יקבלו ריבונות על יו"ש, ושאר רעיונות כדוגמת תכנית אלון שהתייחסה למסירת שטחים לירדנים, בהיעדר רשות פלשתינית באותם ימים.
"בגין אמר שכשמדברים על אוטונומיה לא עוסקים בגבולות אלא נותנים לפלשתינים לנהל את העניינים שלהם בממשל עצמי. הוא הגה מתן ממשל עצמי על כל מקום שבו יושבים פלשתינים, ולכן הם יכולים היו לנהל את חייהם כאילו קיבלו ריבונות על האזורים הללו. ישראל הייתה זכאית על פי תכנית האוטונומיה להשאיר את צה"ל ביהודה ושומרון. אמנם היה כתוב בהסכם שייקבעו מיקומים להתארגנות מחודשת של צה"ל ביו"ש, אבל מכך היה מובן שצה"ל נשאר ביו"ש. מובן גם שכל ההתנחלויות שהיו לנו באותו זמן היו נשארות".
"זה היה ההסכם בקימפ דיויד, ומצרים הסכימה לרעיון והיא הייתה ברת השיח שלנו לדבר על הרעיון עבור הפלשתינים. זה קיבל גם את גיבויו של נשיא ארה"ב שהיה שותף למהלך. המשמעות היא שהרעיון התקבל, אלא מה?", שואל ניסים ומתאר את התרסקות יישומו של הרעיון – "הייתי חבר, יחד עם ד"ר יוסף בורג, משה דיין ועיזר ויצמן, בוועדת המו"מ לכינון האוטונומיה. ישבנו בקהיר אלכסנדריה, הרצליה וכו'. היו חילוקי דעות צפויים, אבל המו"מ התנהל ברוח טובה. המו"מ נוהל עם המצרים כאשר האמריקאים נוכחים, בכל מושב של המו"מ הייתה נציגות אמריקאית שלא הייתה מעורבת בפועל במהלכים. המשכנו עד שיום אחד הנשיא מובארק החליט להפסיק את המו"מ, כאילו רצה לומר שמצרים לא תמשיך לקדם האינטרסים הפלשתינים על ידה. הוא היה נואש, או מפני שראה שהפלשתינים לא מתלהבים או מסיבות אחרות", אמר ניסים המצטרף להערכה לפיה לנוכח הסרבנות הפלשתינית העדיף מובארק שלא לכלות את כוחו וזמנו באינטרסים של הפלשתינים אלא באינטרסים של ארצו שלו.
"מי שהפסיק את המשא ומתן היה מובארק. בכל פעם שהיינו נוסעים לאלכסנדריה היינו משוחחים והדרג היה הגבוה ביותר – מזכיר הממשלה המצרי, שר הביטחון המצרי ובוטרוס ראלי, ואצלנו היה זה הדרג הגבוה ביותר. אבל כנראה הם נואשו מכך שהם יהיו מסוגלים לייצג וליישם את הדברים בשביל הפלשתינים".